La sezione di arti applicate è molto varia ed in continua crescita: costituita da abiti, maioliche, oggetti in cartapesta, arredamento d'epoca, scultura, strumenti musicali e numerose altre categorie di oggetti.
Importante la rappresentanza di ceramiche, per lo più di produzione pugliese del Sei e Settecento, pervenute in Pinacoteca attraverso la donazione De Gemmis (1957). Un anno dopo veniva invece donato il grande presepe cosiddetto Caleno (dal nome del proprietario originario), consistente in circa 500 figure e suppellettili che, pur difforme per cronologia, materiali e qualità stilistica, vanta comunque esemplari di grande o grandissimo pregio risalenti ai secoli XVIII-XX.
